In Nederland komen cyanobacteriën algemeen voor. - ten onrechte als blauwalgen aangeduid. -  Verschillende soorten produceren zeer giftige toxine microcystine. Bij een overschrijding van de advieswaarde is een verbod gerechtvaardigd. In een groot aantal wateren is een dergelijke overschrijding te verwachten. Als er een drijflaag is van een soort die microcystine produceert zal dit altijd het geval zijn. Daarnaast leidt de aanwezigheid van hoge concentraties cyanobacteriën (zoals bij drijflagen) vaak tot huidirritatie. Preventieve maatregelen zijn voor deze bacteriën nauwelijks mogelijk; alleen terugdringen van eutrofiëring kan enig soelaas bieden.

De larven van de platworm Trichobilharzia ocellata veroorzaken zwemmersjeuk (cercariëndermatitis). Deze platworm is een parasiet van vogels en heeft vooral in water levende poelslakken als tussengastheer.

Pseudomonas aeruginosa, een van nature in water voorkomende bacterie, kan een ontsteking van de huid in de uitwendige gehoorgang (otitis externa) veroorzaken. Mochten zich veel klachten voordoen na zwemmen in een bepaald water en is de temperatuur hoger dan 18^oC dan is het te overwegen om het zwemmen daar te ontraden.

In de tropen bestaat de kans op besmetting van Schistosomiasis bij zwemmen in ongechlooreerd water.